Dar 1999 m. pabaigoje Konstitucinis Teismas priėmė nutarimą dėl kai kurių tuometinio Teismų įstatymo nuostatų atitikties Konstitucijai. Šiame ir vėlesniuose nutarimuose konstatuota, kad tik nepriklausoma teismų institucinė sistema gali garantuoti teismų organizacinį savarankiškumą, kad teismų administravimas turi būti organizuojamas nepažeidžiant teisėjų nepriklausomumo, o įstatymu turi būti nustatytas toks teisinis reguliavimas, pagal kurį valstybinės institucijos, užtikrinančios nepriklausomą teismų administravimą, būtų įsteigtos prie teisminės valdžios.

Taigi 2002 m. kovo 14 d. Lietuvos Respublikos Prezidentas Valdas Adamkus pasirašė Lietuvos Respublikos Nacionalinės teismų administracijos įstatymą, kuriuo nuo 2002 m. gegužės 1 d. sukūrė naują nuo įstatymų vykdomosios valdžios nepriklausomą įstaigą – Nacionalinę teismų administraciją – ir pavedė jai aptarnauti teismų savivaldos institucijas siekiant užtikrinti respublikos teismų sistemos, jos valdymo ir darbo organizavimo efektyvumą, teisėjų ir teismų savivaldos nepriklausomumą.

Nacionalinės teismų administracijos misija – siekti visapusiškai užtikrinti sklandų teismų savivaldos institucijų darbą, stiprinti nacionalinę teismų sistemą ir gerinti teismų darbo sąlygas.

Pagrindinės Nacionalinės teismų administracijos veiklos kryptys:
- padeda užtikrinti teismų ir teisėjų nepriklausomumą, teismų organizacinį savarankiškumą;
- pagal kompetenciją užtikrina teismų ir teismų savivaldos institucijų glaudžius tarpusavio ryšius;
- padeda teismų savivaldos institucijoms įgyvendinti pavestas funkcijas;
- pagal kompetenciją užtikrina sklandų teisėjų korpuso formavimą;
- organizuoja ir užtikrina centralizuotą teismų materialinį-techninį aprūpinimą;
- užtikrina teisėjų pensinį aprūpinimą;
- siekdama užtikrinti efektyvų ir racionalų valstybės lėšų valdymą ir naudojimą, organizuoja teismų vykdomų valstybės biudžeto programų projektų ir programų sąmatų projektų rengimą ir investicijų projektų (investicijų programų) teismams įgyvendinimą;
- kuria ir įgyvendina bendrosios teismų informacinės sistemos strategiją;
- siekia, kad Lietuvos Respublikos teismų sistema veiktų efektyviai;
- atlieka vidaus auditus respublikos teismuose.